Beh da come la descrivi sembra un'infiammazione, potrebbe essere una gonalgia o una tendinite al ginocchio.
Le cause possono essere molteplici, ma visto che sei un traceur è ovvio porre in primo piano che tipo di allenamenti fai, su che superfici, con che intensità, se ti fa male su entrambe le ginocchia ecc. ecc.
Per risolvere c'è la solita procedura per le infiammazioni: riposo, antinfiammatori ecc.
Personalmente ritengo che una visitina da un ortopedico o dal medico di base può aiutare, giusto per evitare di farsi del male sul serio!!
Inoltre non proverei scalzo, le scarpe (se buone) rendono meno traumatico l'impatto col suolo salvando caviglie in primis, ma anche le ginocchia.
Riguardo gli atterraggi è giusto atterrare prima con l'avampiede, ci mancherebbe! Provate a fare un salto anche di 10 cm e ricadere coi piedi perfettamente paralleli al suolo o, peggio, coi talloni...sentirete una piacevolissima "scarica" che vi percorre tutta la colonna vertebrale fino alla testa
Quindi nell'atterraggio si atterra innanzitutto di avampiede per poi ammortizzare chiudendo i vari angoli caviglia-ginocchio-anca...